ولد في مكة المكرمة عام 1372هـ. وبها نشأ وتلقى تعليمه الأولي، حيث حفظ القرآن الكريم على يد الشيخ/ خليل بن عبد الرحمن القارئ في مسجد بن لادن التابع لجماعة تحفيظ القرآن عام 1385هـ، وحصل على الشهادة الابتدائية من مدرسة تحفيظ القرآن التابعة لوزارة المعارف عام 1386هـ، ثم انتقل إلى المدينة المنورة ودرس المرحلتين المتوسطة والثانوية في معهد المدينة العلمي، وتخرج فيه عام 1392هـ.
للشيخ محمد أيوب عائلة مكونة من 13 شخصا وهو متزوج بزوجتين وله من الأولاد 5 كلهم من حفظة كتاب الله عزوجل وبنتان أيضا من الحافظات لكتاب الله وهذا مما تتميز به عائلة الشيخ عن غيرها من العائلات, فقد كرس جهده ووقته لتعليم أهله ولم يكتف بذلك بل كان لأولاده معلما خاصا للقران في المنزل ,, اما ابناءه فهم - خالد الابن الأكبر له فهو مدرس للقران في مدارس تحفيظ القران في المدينة - الزبير أستاذ في الجامعة الإسلامية في قسم اللغة العربية - سعد طالب في الهندسة - مصعب يدرس الطب في جامعة طيبة - يوسف طالب في المرحلة الثانوية ويشارك في برنامج (بالقرآن نحيا) والذي يبث احيانا ً عبر القناة الرياضية السعودية